После бомбежки Нарвы в 1944 году Преображенский собор, как многие городские храмы, оказался разрушенным. Усилиями настоятеля Воскресенской Кренгольмской церкви, бывшего келейника владыки, священника Иоакова Тимофеева прах архиепископа Евсевия был перезахоронен на Знаменском Ивангородском кладбище у южной стороны алтарной апсиды храма во имя апостолов Петра и Павла.
Но и на новом месте захоронения могилу владыки Евсевия не оставили в покое. Старое ивангородское кладбище к началу XXI века пришло в запущенное состояние, все постепенно ветшало, да и повадились приходить пьяницы и просто вандалы. Установленный в 1945 году чугунный крест неоднократно ломали, пока в конце 80-х годов ХХ века он не пропал.
В начале 2006 года клириками и депутатами города Нарвы было высказано предложение о переносе останков архиепископа Евсевия в Эстонию. По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и митрополита Таллинского и всея Эстонии Корнилия были выполнены необходимые процедуры. Могила архипастыря была вскрыта 10 апреля 2006 года в присутствии духовенства, властей и судебно-медицинского эксперта. «По найденным в захоронении остаткам посоха, элементам архиерейского облачения можно с достаточной степенью уверенности утверждать, что это останки архиепископа Нарвского и Изборского Евсевия», — заявили организаторы перезахоронения.
Останки владыки были помещены в новый гроб и перевезены в нарвский Воскресенский собор, где была совершена панихида, и архипастырь был облачен в новое архиерейское облачение.
29 апреля 2006 года с архиепископом Нарвским и Изборским Евсевием прощались прихожане Нарвского Воскресенского собора. После завершения панихиды гроб с останками владыки был перевезен в Нарва-Йыесуу, где в 1929 году он скончался. К вечеру траурный кортеж прибыл в Пюхтицкий Успенский женский монастырь и гроб был установлен в кладбищенском храме во имя святителя Николая и преподобного Арсения Великого. На следующий день после завершения Божественной Литургии в Успенском соборе монастыря духовенство Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата во главе с митрополитом Корнилием крестным ходом прошло к кладбищенскому храму, где после совершения панихиды гроб с останками архиепископа Евсевия был захоронен в каменном склепе у алтарной апсиды кладбищенской церкви. Как рассказывала ныне покойная схиигумения Варвара (Блохина) ей много раз предлагали использовать склеп для захоронения, но она не давала разрешения по различным причинам. Только после получения известия о планируемом перезахоронении архиепископа Евсевия поняла: для кого она по воле Господа берегла это место.
29 августа 2006 года глава Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата митрополит Таллинский и всея Эстонии Корнилий освятил памятник на могиле архиепископа Нарвского и Изборского Евсевия, изготовленный в мастерской нарвского каменотеса Алексея Колпакова.