Высшим органом, при содействии которого Предстоятель ЭПЦ МП управляет Церковью, является Собор Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата. Собор осуществляет высшую законодательную, административную и контролирующую власть. Членами Собора является все духовенство ЭПЦ МП (исключая заштатных и запрещенных в служении), а также по одному представителю от мирян, избираемых от каждого Прихода. Собор созывается не реже одного раза в год.
В настоящее время в ЭПЦ МП насчитывается 38 приходов, в которых совершают свое служение 52 священника и 14 диаконов.
