В конце 1917 года Николай Булин был уволен из армии и вернулся в академию. В 1918 году он принял монашеский постриг и был рукоположен во иеромонаха.
В России в это время усиливались гонения на Церковь, один за другим арестовывались священнослужители. Под угрозой ареста оказался и иеромонах Иоанн. Всё это вынудило его бежать из России в ставшую независимой Эстонию, нелегально перейдя границу в районе станции Новоселье в конце сентября 1918 года.
В 1920 году иеромонах Иоанн был принят в число братии Псково-Печерского монастыря и назначен наместником.
В 1926 году состоялась хиротония архимандрита Иоанна во епископа Печерского, викария Таллинской епархии. В 1929 году епископ Иоанн был избран депутатом Парламента (Riigikogu) Эстонии от Печерского края. Владыка Иоанн считал своей основной задачей защиту обездоленных русских соотечественников, облегчение
долгового бремени и внедрение долгосрочных кредитов для крестьян Печерского края.
В 1932 году обострились отношения между епископом Иоанном и Синодом Эстонской Апостольской Православной Церкви. Камнем преткновения стал вопрос об имуществе Псково-Печерского монастыря и о переходе на новый стиль. Владыке Иоанну было предложено перейти на Нарвскую кафедру, но он категорически отказался и был уволен на покой.
Пытаясь найти выход из создавшегося положения, епископ Иоанн в 1934 году побывал в Константинополе, несколько месяцев жил на Афоне, затем на
Святой Земле. В 1934 – 1937 годах владыка Иоанн изучал искусство древней иконописи в мастерской Пимена Софронова, уроженца Эстонии.
В сентябре 1940 года епископ Иоанн активно выступал в Печорах за присоединение к Московскому Патриархату. 18 октября 1940 года владыка был арестован НКВД в Печорах. Владыке Иоанну были предъявлены стандартные для того времени обвинения – активная контрреволюционная деятельность, как члена белогвардейской организации «Русского Национального Союза».
Сухие строчки официального письма от 18 сентября 1998 года извещают:
«Булин Иван Александрович, 1893 г.р., уроженец мест. Вепс Раппинской волости Верровского уезда Эстонии, бывший настоятель Псково-Печерского монастыря по приговору Ленинградского облсуда от 8 апреля 1941 года по статье 58-4 УК РСФСР подвергнут высшей мере наказания – расстрелу (исполнено 30.07.1941 в г. Ленинграде)».